海南-東盟科技合作平台由海南省科技廳建議、外交部批準，建立于2003年，海洋學院是依托單位之一，主要合作的東盟國家有新加坡、馬來西亞、泰國、菲律賓、印度尼西亞、越南等國。

“海南－東盟熱帶海洋生物科技合作基地”主要依托海洋學院水産養殖重點學科、海南省熱帶水生生物技術重點實驗室、熱帶生物資源教育部重點實驗室等科研平台與東盟國家開展魚病防治及水産養殖技術合作，尤其是與泰國建立了長期合作關系，開展了“中泰草藥提取免疫刺激劑及其功能機制研究”等科技合作項目。